Stellenbeschreibung Das sind Ihre Aufgaben

Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software und Analysepipelines zur Verarbeitung von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten
Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows für wissenschaftliche und diagnostische Fragestellungen
Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der hierfür eingesetzten Entwicklungs- und Betriebsumgebungen
Einsatz und Integration moderner DevOps-Strukturen, insbesondere für Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierte Bereitstellung von Anwendungen
Administration und technische Betreuung Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen
Verantwortung für Hard- und Software diagnostikrelevanter Systeme und Geräte in enger Zusammenarbeit mit der klinikinternen IT-Abteilung
Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze im wissenschaftlichen und diagnostischen Kontext
Dokumentation von Software, Analyseworkflows und technischen Prozessen unter Berücksichtigung der Anforderungen eines diagnostischen Umfelds

Darauf kommt es uns an:

erfolgreich abgeschlossenes Studium der Bioinformatik, Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung
sicherer und selbstständiger Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; vorhandener Code soll unabhängig von KI-gestützten Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können
gute Kenntnisse im Umgang mit Linux-Systemen und der Kommandozeile sowie Erfahrung mit Bash/Shell-Skripten
sicherer Umgang mit Git und Erfahrung mit einer Plattform zur kollaborativen Softwareentwicklung, z. B. GitLab, GitHub oder Bitbucket
Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse sowie Erfahrung in mehreren der folgenden Bereiche:
CI/CD: automatisiertes Bauen, Testen und Bereitstellen von Software, z. B. mit GitLab CI/CD, GitHub Actions oder Jenkins
Containerisierung: insbesondere Podman bzw. vergleichbare Containertechnologien
Automatisierung: Automatisierung wiederkehrender Analyse-, Test-, Deployment- und Administrationsaufgaben
Linux- und Serveradministration
Monitoring und Logging: z. B. Prometheus, Grafana oder ELK
Netzwerkgrundlagen: insbesondere DNS, HTTP/HTTPS, TCP/IP und Reverse Proxies
Cloud-Technologien: z. B. AWS, Microsoft Azure oder Google Cloud
Infrastructure as Code: z. B. Terraform oder Ansible
Security/DevSecOps: Berücksichtigung von Sicherheitsaspekten innerhalb von Entwicklungs-, Test- und Deployment-Prozessen
grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. die Bereitschaft, sich intensiv in diese einzuarbeiten
gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
ausgeprägte Zuverlässigkeit und Genauigkeit sowie ein hohes Verantwortungsbewusstsein
selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute kommunikative Fähigkeiten

Nicht alle der folgenden Kenntnisse werden vorausgesetzt. Erfahrungen in einzelnen Bereichen sind jedoch von Vorteil:

Kenntnisse in der objektorientierten Softwareentwicklung
Erfahrung mit weiteren Programmiersprachen und Skriptsprachen, z. B. Java, Python, R, PHP oder Perl
Kenntnisse in Webtechnologien und Frameworks, z. B. Laravel/PHP, React, jQuery oder in einem vergleichbaren bzw. moderneren Technologie-Stack
Erfahrung mit Workflow-Sprachen und Workflow-Management-Systemen, z. B. WDL
Kenntnisse relationaler Datenbanksysteme, insbesondere MySQL/MariaDB
Erfahrung im Umgang mit großen Datenmengen und entsprechenden Speicher- und Datenmanagementkonzepten
Kenntnisse in paralleler bzw. verteilter Datenverarbeitung
Erfahrung mit NGS-Analysepipelines und gängigen bioinformatischen Werkzeugen
Erfahrung im molekulargenetischen bzw. humangenetischen Diagnostikumfeld

Wir bieten Ihnen noch mehr:

Teamvielfalt mit gemeinsamer Haltung: Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Berufsgruppen und Persönlichkeiten - verbunden durch Verantwortungsbewusstsein, Pragmatismus und den gemeinsamen Auftrag, die Versorgung am UKJ zu unterstützen.
Begegnung & Austausch im Alltag: Mehrere Cafeterien als soziale Treffpunkte für kurze Pausen, Austausch über Berufsgrenzen hinweg und kleine Auszeiten im Arbeitsalltag.
Stabilität mit Sinn: Öffentlicher Arbeitgeber mit verlässlichen Strukturen, transparenten Rahmenbedingungen und dem guten Gefühl, Teil von etwas gesellschaftlich Relevantem zu sein.
Gesundheit & Wohlbefinden: Betriebliches Gesundheitsmanagement, Präventions- und Sportangebote sowie regelmäßige Team Events

Kennziffer: 298/2026

Befristet für einen Zeitraum von 2 Jahren mit Option auf Verlängerung.

Unabhängig von Herkunft, Alter, Geschlecht oder Behinderung - bei uns am Universitätsklinikum Jena sind Sie willkommen.

Arbeitsorte

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Wissenschaftler / Bioinformatiker (m/w/d)